В воду попадают различные примеси, которые удаляются путём фильтрации. Фильтр может быть заполнен песчаным или стеклянным наполнителем. Фильтр работает со специальным всасывающе-нагнетательным насосом, который извлекает воду из бассейна. Загрязнения остаются в наполнителе, а чистая и свежая вода возвращается в бассейн. Фильтр должен очищаться в процессе промывки (обратная промывка) – наполнитель поднимается и перемешивается, благодаря чему грязь отделяется от гранул наполнителя, и через трубу в верхней части фильтра в канал вытекают все загрязнения. Весь процесс промывки занимает до 5 минут. Очень важно подобрать размер насоса и фильтра к размеру бассейна. Ёмкость бассейна должна фильтроваться минимум 3 раза в течение 24 часов, при условии работы насоса 16 часов.